PCR儀由熒光定量系統和計算機組成，用來監測循環過程的熒光。與實時設備相連的計算機收集熒光數據。數據通過開發的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數據被繪制成熒光強度相對于循環數的圖表。原始數據收集后可以開始分析。熒光定量PCR儀的軟件能使收集到的數據進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數據的水平。
PCR擴增原理是在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。
PCR儀的相關維修經驗如下：
1.熱蓋問題
當發現上面的旋轉輪可以轉動但是蓋子不往下動，這時候只聽到“咔咔”的聲音。這個時候你看下頂蓋旋轉輪頂蓋在2個小的螺釘之間有一個黃顏色的類似螺釘樣的小按鈕，你用圓珠筆等筆尖用力按住這個鈕，反時針轉動旋轉輪，這時候你就會發現問題解決了。
2.儀器使用久了溫度降到一定時不降了而到不了所設定的溫度值。這時把PCR側翻，在儀器的底部通風網格部分，是否有大量的灰塵，用小毛刷清潔下，問題就可以解決了。
3.用了幾年發現樣品出來的結果很不好，這時就需要你觀察下block的溫度了，看是否有很大的漂移了，如是則block需要校準溫度了。
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