PCR儀種類總體可分為兩大類：PCR擴增儀和實時熒光定量PCR儀，普通的PCR擴增儀又衍生出帶梯度PCR功能的梯度PCR儀、和帶原位擴增功能的原位PCR儀等等。PCR技術現在已成為現代分子生物學實驗工作的基礎技術和有效工具，在醫學、農業、檢驗檢疫等領域中使用十分廣泛。PCR儀經過不斷改進，已經越來越完善和智能化，分類也更加細化，但廠家一般自行命名型號，技術指標的參數也不統一，給用戶的選擇帶來了麻煩。
從PCR原理可以看出，PCR儀的關鍵是升降溫的步驟。經過不斷改進，今天的PCR已經越來越完善和智能化。出于市場推廣的戰略需要，各廠家的PCR儀型號不同，著力宣傳的技術指標和參數也不盡統一，對于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下不同梯度管排間的溫度均勻性和準確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導致在梯度模式下得出的z佳條件與標準模式下單獨做的結果出現差異。
由于PCR儀需借助樣本和標準品之間的對比來實現定量的，對于PCR系統來說，重要的參數除了傳統PCR的溫控精確性、升降溫速度等等，更重要的還在于樣品孔之間的均一性，以避免微小的差別被指數級放大。
至于熒光檢測系統，多色多通道檢測是當今的主流趨勢。儀器的激發通道越多，儀器適用的熒光素種類越多，儀器適用范圍就越寬；多通道指可同時檢測一個樣品中的多種熒光，儀器就可以同時檢測單管內多模版或者內標+樣品，通道越多，儀器適用范圍越寬、性能就更強大。
PCR儀需考慮的另外一個因素是軟件設計，這一點目前較新型號的儀器都有不錯的配套軟件可以滿足常規使用。隨著PCR技術在臨床診斷、疾病監控、藥物監測、腫瘤研究等領域的越來越廣泛的應用，市面上不同品牌和設計的PCR儀也不斷推陳出新。
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